Une coopération constructive avec les pouvoirs publics africains
L'AMREF travaille en collaboration avec les Ministères de la Santé et les autres Ministères des pays dans lesquels elle met en oeuvre ses programmes.
L'AMREF est convaincue, par expérience, que le partenariat avec les Gouvernements peut améliorer de façon très significative la durabilité des projets et leur reproduction dans d'autres pays.
Au Kenya, l'AMREF a joué un rôle décisif dans l'élaboration de la Stratégie Nationale du Secteur Santé (NHSSP 2005 - 2010) en participant comme membre actif aux Comités stratégiques du Ministère de la Santé.
L'AMREF a plaidé avec succès pour la prise en considération de la communauté comme partie intégrante du système de santé national. La communauté est maintenant reconnue comme le premier niveau du système de santé kenyan, et l'accent est mis sur la communauté et ses liens avec les niveaux II (dispensaires) et III (centres de santé).
Au Kenya également, l'AMREF travaille en partenariat avec le Ministère de la Santé pour piloter un système d'information sur la santé qui part des communautés (CBHIS) et remonte au niveau du district.
Le Ministère de la Santé évalue actuellement les réalisations du projet dans l'intention de l'intégrer au système d'information du Ministère de la Santé (MOH).
Ce projet montre la manière dont l'AMREF travaille avec le gouvernement: elle l'aide à identifier les failles du systèmes de santé et à résoudre les problèmes. Elle élabore aussi des modèles qui sont reproduits dans de nombreux pays.
En Ouganda, l'AMREF est membre du Comité de Conseil sur les Politiques de Santé (HPAC), comité technique du plus haut niveau qui discute de tous les plans et budgets du secteur de la santé.
L'AMREF est également membre de nombreux comités de coordination Gouvernement - ONG - Donateurs, comme le Groupe de Travail National WATSAN (Eau et assainissement). Elle fait partie du Secrétatriat du MACIS (Paludisme et maladies de l'enfant).
Au Sud Soudan, l'AMREF travaille avec le Ministère de la Santé pour former les médecins, les infirmières, les sages-femmes, les praticiens hospitaliers, les laborantins et les pharmaciens. Ensemble ils ont conçu un plan national de ressources humaines pour les travailleurs de la santé (2006-2010), soutenu par le Département pour le Développement International.